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掃描電鏡-拉曼光譜聯用可以對樣品進行微區原位分析，實現對樣品的系統性分析測試。鑒于可以從同一點采集掃描電鏡數據與拉曼光譜數據，能夠對樣品表面形貌和物質分子結構的關系進行快速直觀的表征。以SEM圖像為基礎，可以更準確地對樣品選擇測試區域進行快速、無損的物質成分分析，得到準確的樣品組成數據。

例1：表征微米級別的磷酸鋁礦物中的PO4/SO4的比例及鑒別其中復雜的化合物成分明礬石和纖磷鈣鋁石

例2：實現鈾酰礦物類的顆粒水平的拉曼光譜分析

例3：鑒別制備的石墨烯樣品中單層區域與多層區域